紫外線殺菌器重點在于“紫外線”，通過紫外線的作用，主要是利用254納米波長的UV紫外線光。此波長的紫外線光，即使是在微量的紫外線投射劑量下，也可以破壞一個細胞的生命核心――DNA，因此阻止細胞再生，喪失再生能力使細菌變得無害，從而達到滅菌的效果。象所有其它紫外線應用技術一樣，這種系統的規模取決于紫外線的強度（照射器的強度和功率）和接觸時間（水、液體、或空氣暴露在紫外線下的時間長短）。

　　在很多高技術和實驗室裝置中，有機物會妨礙高純度水的生產。有很多方法可以把有機物從水中清除掉，較常用的方法包括使用活性炭和反滲透。波長較短的紫外線（185納米）也可以有效地降低總有機碳量（值的一提的是這些放射器也產生254納米波長的紫外線，因此可以同時進行消毒）。波長較短的紫外線具有更多的能量，因此能夠分解有機物。紫外線氧化有機的反應過程雖然非常復雜，其主要原理是通過產生氧化能力很強的自由氫氧，將有機物氧化成水和二氧化碳。和臭氧清除系統一樣，這種降解有機碳的紫外線系統的紫外線放射量是傳統消毒系統的三到四倍。

　　藥品生產一般都是由幾個工藝段組成，在不同階段之間，本身也可能遭至微生物污染，而紫外線消毒可以被用作有效的保障，確保藥品在各個工藝段之間不會發生變質。這對于提高藥品生產質量以及對環境保護均具有重要作用。

　　據了解，紫外線殺菌器體系是一次性去掉原水中98%以上離子、有機物及100%微生物(理論上)最經濟高效的純化辦法。預計未來幾年，中國水處理、食品、醫藥等領域對紫外線滅菌器的需求將快速增長，紫外線滅菌器行業發展前景被看好。

　　紫外線殺菌器其優點為輻照強度穩定性高，殺菌壽命長達9000小時，高透過率石英玻璃管，透光率≥87%，單價也比同類產品適中，殺菌壽命達8000小時后，其輻照強度在253.7um保持穩定不變。燈管破碎有聲光報警提醒。運用高亮度鏡面滅菌反應腔設，與國外同類產品相比殺菌強度提高了18%-27%，殺菌率能夠達到99.99%。

　　紫外線對工作環境的溫度和濕度有一定的要求：在20℃以上，照射強度較穩定；在5～20℃之間，隨溫度的上升照射強度增加；相對濕度60%以下時，殺菌能力較強，濕度增至70%時，微生物對紫外線的敏感性降低，濕度增至90%時，殺菌力衰退30%～40%。對水進行消毒時，水層厚度均應小于2cm，水流過時接受90000UW.S/cm2以上的照射劑量才能使水達到有效消毒。紫外燈管和套管表面有灰塵和油污時，會阻礙紫外線透過，因而應經常（一般兩周一次）以酒精、丙酮、氨水作擦拭。燈管啟動時，加溫至穩定狀態需數分鐘，端電壓較高。關閉后若立即重開，常常較難啟動，且易損壞燈管并減少燈管使用壽命，故一般不宜頻繁啟動。